薬師如来を本尊とする臨済宗の寺院である。山号は霊薬山。同市にある金鳳山正法寺(大仏町)，五光山正法寺(小野)，慈雲山正法寺(向加野)とは、縁起の異なる別の寺院である。守護館である川手城の敷地ないし隣接地にあったとされ、船田合戦を経て廃寺となった。
　1353(正平8/文和2)年、美濃国守護･土岐頼康が川手城を築城した際に無本覚心(法灯禅師)の法嗣･嫩桂正栄を招いて建立した。その後は開山の法嗣･信中自敬が2世として襲いでいる。土岐氏の外護のもと、七堂伽藍を備え、塔頭も雲門庵，石門庵，法喜庵，三世庵，常春庵，慈光院，利名院，大亀院など多数建てられ、美濃屈指の禅刹であった。
　1467(応仁元)年以降、京都が応仁の乱により荒廃した際には、土岐氏の招きにより足利義視，一条兼良が訪れ、その他にも雪舟等楊や万里集九，宗祇など文人墨客も正法寺で活動をして、川手には一大文化圏が形成された。
　しかし、1495(明応4)年の斎藤妙純と石丸利光が戦った船田合戦では、妙純の弟･斎藤利綱が村山利重らを率いて正法寺に入り、同時に利光の弟･石丸利元も間道から正法寺に移り、1つの寺で斎藤軍が北、石丸軍が南に対陣した。戦いでは斎藤軍が勝利し、石丸利元は船田城へ逃れたが(正法寺の戦い)、戦場となったことで伽藍，塔頭は焼失、さらに1509(永正6)年頃には、守護所が長良川北岸へと移転したことで荒廃していった。跡地に残った土塁も、1602(慶長7)年の加納城築城の際に取り去られたという。
　現在は、跡地に薬師堂が建てられている。