築城年代は定かではないが、鎌倉時代初期に遠山景朝によって築かれた。景朝は、源頼朝の重臣で遠山荘の地頭になった加藤景廉の長男で遠山を姓とした。当初は平坦部に築かれた砦あるいは城館的なものであったが、16世紀中頃に本格的な山城が構築されていった。
　1571(元亀2)年、遠山氏最後の城主となる遠山景任が病没すると、織田信長は5男で幼少の坊丸(織田勝長)を遠山氏の養子とした。後見は信長の叔母にあたる女性(おつやの方)で幼少の坊丸に代わって女城主として差配を振るった。
　1572(元亀3)年10月、武田信玄の西進に際し、秋山虎繁軍は東美濃へ侵攻し岩村城の攻略にあたる。岩村城は武田方に包囲されたが信長は諸戦で助けを出すことができず、おつやの方は秋山虎繁と婚姻するという条件で降伏。翌1573(元亀4)年2月末に虎繁はおつやの方を妻に迎え、岩村城は開城された。
　1575(天正3)年、信長は長篠の戦いで武田勢が弱体化した期に乗じて岩村城奪還をはかった。織田信忠を総大将に攻城戦を行い5ヶ月にわたる戦闘の後に陥落させ、虎繁夫妻ら5名を長良川河川敷で逆さ磔の刑に処した。その後、河尻秀隆が城主となり城の改造を行い現在の城郭に近いものとなった。
　1582(天正10)年、織田氏による甲州征伐では、信長は信濃へ足を踏み入れることをせず岩村城に滞在して戦果の報告を受けていた。武田氏滅亡後は団忠正を城主としたが信長とともに本能寺の変で戦死。信濃国から戻った森長可が接収し、長可死後は森忠政が引き継いだ。城代となった家老の各務元正は、約17年を費やし近代城郭へ変貌させ、現在の城郭が完成した。
　1599(慶長4)年、豊臣秀吉の死後、森忠政が信濃国松代に移封となり田丸直昌が入城したが、関ヶ原の戦いでは直昌は西軍に与したため、本領復帰を狙う遠山利景に攻められた。戦後、田丸氏が改易されると、松平家乗が入城し山上にあった城主居館を城の北西山麓に移し城下町を整備した。
　江戸時代には丹羽氏信,松平乗紀が入城したのち、明治まで大給松平氏が城主として続く。廃城令により1873(明治6)年に解体され石垣のみとなったが、いくつかの建築物,部材は移築され現存している。岩村町の八幡神社本殿は岩村城の八幡曲輪から移築され、土岐門は徳祥寺の山門として、不明門(伝)は妙法寺の山門として移築され現存する。藩校の知新館の正門と釈奠の間も麓の藩主邸跡に移築されている。また、岩村城の廊下の部材が地酒“女城主”蔵元の岩村醸造の廊下にも利用されて残っているという。
　岩村城は本丸の外側に二の丸、西外側には出丸、二の丸の外側に三の丸が配され、本丸には二重櫓が2基あったが天守はなく、三の丸大手口に天守相当の三重の到着櫓があった。曲輪,高石垣,井戸などが良く残されている。