蘇我氏の血を引かない敏達王統の最有力者であって、忍坂部(刑部氏)･丸子部などの独立した財政基盤を有し、王都を離れて水派宮を営んでいた。用明天皇の崩御(587年)後に王位継承者として候補に挙がったとされるが、対立する蘇我系王族が台頭したため、以後の史料には活動が一切見えず、蘇我氏によって暗殺されたとの憶測もある。ただし、『一代要記』や『紹運録』を基に逆算される舒明の生年(593年)とその弟の存在を考えると、592年の推古天皇即位後も暫く生存していたはずで、非蘇我系の王位継承候補者として、蘇我系の竹田皇子や厩戸皇子と比肩し得る地位を保っていたと思われる。607年に王位継承者(厩戸)を資養する壬生部が設置されているので、これ以前には亡くなっていたらしい。『延喜式』諸陵寮によれば、成相墓(奈良県広陵町の牧野古墳か)に葬られた。
  忍坂部や丸子部といった押坂彦人大兄皇子伝来の私領は｢皇祖大兄御名入部｣と呼ばれ、以後も息子である舒明から孫の中大兄皇子らへと引き継がれて、大化の改新後に国家に返納されたと考えられており、彦人大兄の死後においても、皇子の系統が蘇我氏や上宮王家に対抗して舒明即位から大化の改新の実現を可能にしたのは、こうした財政的裏付けの存在があったからだと言われている。

　先代の推古天皇は崩御した時、継嗣を定めていなかった。 蘇我蝦夷は群臣にはかってその意見が田村皇子と山背大兄皇子に分かれていることを知り、田村皇子を立てて天皇にした。これが舒明天皇である。これには蝦夷が権勢を振るうための傀儡にしようとしたという説と他の有力豪族との摩擦を避けるために蘇我氏の血を引く山背大兄皇子を回避したという説がある。
  いずれにせよ、舒明天皇の時代、政治の実権は蘇我蝦夷にあった。在位中、最初の遣唐使を送り、唐からの高表仁の返訪を受けた。唐には使者の他にも学問僧や学生が渡り、隋の頃に渡った者も含め、僧霊雲,僧旻,僧清安,高向玄理が帰国した。百済と新羅からの使節も訪れた。
  『本朝皇胤紹運録』や『一代要記』などでは、49歳で崩御と伝えられている。古い史料による確認は困難なものの、母である糠手姫皇女(田村の御名は彼女から継承されたものである)が舒明天皇よりも20年以上長く生きて天智天皇3年(664年)に没していることや、皇子である天智天皇らの年齢を考えると、ほぼ正確な年齢(もしくは数年の誤差)ではないかと見られている。

　645年6月、三韓から進貢の使者が来日し、宮中で儀式が行なわれた。古人大兄皇子は皇極天皇の側に侍していたが、その儀式の最中、異母弟･中大兄皇子(天智天皇),中臣鎌子(藤原鎌足)らが蘇我入鹿を暗殺する事件が起きた。古人大兄皇子は私宮(大市宮)へ逃げ帰り｢韓人が入鹿を殺した。私は心が痛い｣と言った。入鹿の父･蘇我蝦夷も自邸を焼いて自殺して蘇我本家は滅び、古人大兄皇子は後ろ盾を失った(乙巳の変)。
  事件後、皇極天皇退位を受けて皇位に即くことを勧められたがそれを断り、出家して吉野へ隠退した。しかし、同年9月12日吉備笠垂から｢古人大兄皇子が謀反を企てている｣との密告を受け、中大兄皇子が攻め殺させた。実際に謀反を企てていたかどうかは不明である。一説には、乙巳の変の際に入鹿共々クーデター派の標的だったともいわれる。また、クーデター派が蘇我氏の戦意喪失を謀って古人大兄皇子を出家に追い込んだとの説もある。

　白雉4年(653年)に葛城皇子は天皇の意に反し、皇極や間人皇女の他、多くの官僚を率いて飛鳥に戻ってしまう。天皇はこれを恨み退位も考えたが、山碕に宮殿を造営中に病に倒れ、白雉5年10月10日(654年)に難波の宮殿で崩御した。
  皇女が夫である天皇と離れ葛城皇子と共に飛鳥に遷った理由は明らかでない。
　天智天皇4年2月25日(665年3月16日)に薨去し、斉明天皇陵である越智岡上陵に合葬された。

　舒明天皇の後、継嗣となる皇子が定まらなかったので、皇極天皇元年(642年)1月15日、 皇極天皇として即位した。49歳であった。『日本書紀』によれば、天皇は古の道に従って政を行なった。在位中は蘇我蝦夷が大臣として重んじられ、その子･入鹿が自ら国政を執った。
  皇極天皇元年1月29日(642年3月5日)には安曇比羅夫が百済の弔使を伴って帰国。同年4月8日(5月12日)には追放された百済の王族、翹岐が従者を伴い来日した。同年9月3日(10月1日)、百済大寺の建立と船舶の建造を命じる。9月19日に宮室を造ることを命じる。同年12月21日(643年1月16日)、小墾田宮に遷幸。
  皇極天皇2年4月28日(643年5月21日・50歳)には更に飛鳥板蓋宮に遷幸。11月1日(12月16日)、蘇我入鹿が山背大兄王を攻め、11月11日に王は自害。
  皇極天皇4年6月12日(645年7月10日)、中大兄皇子らが宮中で蘇我入鹿を討ち、翌日、入鹿の父の蘇我蝦夷が自害する(乙巳の変)。その翌日の6月14日、皇極天皇は同母弟の軽皇子(後の孝徳天皇)に皇位を譲った。日本史上初の譲位とされる。新天皇の孝徳天皇により、皇祖母尊の称号を奉られた。
  白雉4年(653年)、皇祖母尊は中大兄皇子と共に、孝徳天皇を捨てて倭飛鳥河辺行宮に遷幸。白雉5年10月1日(654年11月15日)、中大兄皇子と共に、病に罹った孝徳天皇を見舞うべく難波長柄豊碕宮に行幸。10月10日、孝徳天皇が崩御。
  孝徳天皇の崩御後、斉明天皇元年(655年)1月3日、62歳のとき、飛鳥板蓋宮で再び皇位に就いた(史上初の重祚)。政治の実権は皇太子の中大兄皇子が執った。『日本書紀』によれば、しばしば工事を起こすことを好んだため、労役の重さを見た人々が批判した。
  斉明天皇元年には、高句麗,百済,新羅が使を遣わして朝貢してきた。また、蝦夷と隼人も衆を率いて内属し朝献した。
  有間皇子の変に際して、蘇我赤兄は天皇の3つの失政を挙げた。大いに倉を建てて民の財を積み集めたのが一、長く溝を掘って公糧を損費したのが二、船に石を載せて運び積んで丘にしたのが三である。
  対外的には、朝鮮半島の諸国と使者を交換し、唐にも使者を遣わした。
  北方の蝦夷に対し、三度にわたって阿倍比羅夫を海路の遠征に送り蝦夷地を平定した。さらに当時北海道の北海岸や樺太に存在した粛慎まで出兵し勝利したと伝える。
  在位5年(660年)に百済が唐と新羅によって滅ぼされた。百済の滅亡と遺民の抗戦を知ると、人質として日本に滞在していた百済王子豊璋を百済に送った。百済を援けるため、難波に遷って武器と船舶を作らせ、更に瀬戸内海を西に渡り、筑紫の朝倉宮に遷幸し戦争に備えた。遠征の軍が発する前の661年、当地にて崩御した。斉明天皇崩御にあたっても皇子は即位せずに称制し、朴市秦造田来津を司令官に任命して全面的に支援、日本軍は朝鮮半島南部に上陸し、白村江の戦いを戦ったが、唐と新羅の連合軍に敗北した。

　『日本書紀』の評によれば、天皇は仏法を尊び、神道を軽んじた。柔仁で儒者を好み、貴賎を問わずしきりに恩勅を下した。
  皇極天皇4年6月12日(645年7月10日)に乙巳の変が起きると、翌々日に皇極天皇は中大兄皇子に位を譲ろうとした。中大兄は辞退して軽皇子を推薦した。軽皇子は三度辞退し古人大兄皇子を推薦したが、古人大兄は辞退して出家した。
  14日の内に皇極天皇から史上初めての譲位を受け、軽皇子は壇に登って即位した。立太子は経ていない。皇極前天皇に皇祖母尊という称号を与え、中大兄を皇太子とした。阿倍内麻呂(阿倍倉梯麻呂)を左大臣に、蘇我倉山田石川麻呂を右大臣にした。中臣鎌子(藤原鎌足)を内臣とした。僧旻と高向玄理を国博士とした。
  孝徳天皇元年6月19日(645年7月17日)、史上初めて元号を立てて大化元年6月19日とし、大化6年2月15日(650年3月22日)には白雉に改元し、白雉元年2月15日とした。『日本書紀』が伝えるところによれば、大化元年から翌年にかけて、孝徳天皇は各分野で制度改革を行なった。この改革を後世の学者は大化改新と呼ぶ。この改革につき書紀が引用する改新之詔4条のうち、第1条と第4条は、後代の官制を下敷きにして改変されたものであることが分かっている。このことから、書紀が述べるような大改革はこのとき存在しなかったのではないかという説が唱えられ、大化改新論争という日本史学上の一大争点になっている。
  孝徳天皇の在位中には、高句麗,百済,新羅からしばしば使者が訪れた。従来の百済の他に、朝鮮半島で守勢にたった新羅も人質を送ってきた。日本は、形骸のみとなっていた任那の調を廃止した。多数の随員を伴う遣唐使を唐に派遣した。北の蝦夷に対しては、渟足柵,磐舟柵を越国に築き、柵戸を置いて備えた。史料に見える城柵と柵戸の初めである。
  孝徳天皇は難波長柄豊碕宮を造営し、そこを都と定めた。が、白雉4年(653年)に、皇太子は天皇に倭京に遷ることを求めた。天皇がこれを退けると、皇太子は皇祖母尊と皇后,皇弟(=大海人皇子)を連れて倭に赴いた。 臣下の大半が皇太子に随って去った。 天皇は気を落とし、翌年病気になって崩御した。

　父の死後、有間皇子は政争に巻き込まれるのを避けるために心の病を装い、療養と称して牟婁の湯に赴いた。飛鳥に帰った後に病気が完治したことを斉明天皇に伝え、その土地の素晴らしさを話して聞かせたため、斉明天皇は紀の湯に行幸した。飛鳥に残っていた有間皇子に蘇我赤兄が近付き、斉明天皇や中大兄皇子の失政を指摘し、自分は皇子の味方であると告げた。皇子は喜び、斉明天皇と中大兄皇子を打倒するという自らの意思を明らかにした。なお近年、有間皇子は母の小足媛の実家の阿部氏の水軍を頼りにし、天皇たちを急襲するつもりだったとする説が出ている。
  ところが蘇我赤兄は中大兄皇子に密告したため、謀反計画は露見し(なお蘇我赤兄が有間皇子に近づいたのは、中大兄皇子の意を受けたものと考えられている)、有間皇子は守大石・坂合部薬たちと捕らえられた。斉明天皇4年11月9日(658年12月9日)に中大兄皇子に尋問され、その際に｢全ては天と赤兄だけが知っている。私は何も知らぬ｣と答えたといわれる。翌々日に藤白坂で絞首刑に処せられた。
　有間皇子の死後、大宝元年(701年)の紀伊国行幸時の作と思われる長意吉麻呂や山上憶良らの追悼歌が『万葉集』に残されている。以降、歴史から忘れ去られた存在となるが、平安後期における万葉復古の兆しと共に、幾ばくか史料に散見されるようになり、磐代も歌枕となる。