創建時期は定かではないが、往古より仁徳天皇を奉斎する神社であったという。
　1579(天正7)年9月15日、岡崎城主･松平信康は織田信長より武田勝頼内通の疑いをかけられ、二俣城で自刃させられると(いきさつに異説もある)、その首は信長の実検後に岡崎に返され、清水万五郎が徳川家康の命で投村根石原(現在の朝日町)に埋めて、印の松を植えたという。その後、岡崎城内には怪異現象が度重なったとされ、岡崎城代となった石川数正は1580(天正8)年、松平信康の供養塔を建て、信康を祭神として本神社に合祀した。当初は菅生八幡宮と称したが、のちに若宮八幡宮と改められた。社殿横に信康の首塚がある。なお、現在の社殿は1945(昭和20)年7月20日の岡崎空襲後に再建されたものである。