寺伝によれば、598(推古天皇6)年、厩戸皇子が仏法興隆のために全国を行啓し三河国に立ち寄った際に、一本の霊樹を発見しその霊樹で自らの像を作り、当寺を興隆し仏法弘通の地としたとされる。当初の太子信仰,天台宗から1232(貞永元)年に蓮行阿闍梨が親鸞上人と出遭ったことで浄土真宗に改め、さらに15世紀半ばに30代･如光上人が本願寺8代の蓮如上人と師弟の契りを結び、高田派から本願寺派に改派して、勝鬘寺，本證寺とともに三河三ヶ寺と称されるようになる。
　1563(永禄6)年、松平元康と守護不入特権をめぐる三河一向一揆では、境内地に一揆方の倉地平左衛門はじめ100余騎が立て籠もったが、平定後は元康によって破却された。その後、家康の叔母である芳春院妙西尼(妙春尼)の尽力で1585(天正13)年には再興が認められ、江戸時代にかけ再建が進められた。妙春尼は完成を見ることなく1599(慶長4)年に亡くなっている(妙春尼墓所)。
　江戸時代初期には、北東南を妙覚池に囲まれた方形の平地で、三方に土塁と塀が巡らされ西にも土塁があったとされる。現在、東方に土塁跡が残されている。
　なお、1988(昭和63)年に本堂や庫裏が火災に遭い、1996(平成8)年に銅版屋根で再建され現在に至る。