1561(永禄4)年の松平元康による東条城攻めの後、この地は小牧砦を築き戦功を挙げた本多広孝の所領となり、砦跡に邸宅を構えて地頭役人を置いたとされる。
　その後、1703(元禄16)年には上総国大多喜2万7500石の藩主となった大河内松平正久が、ここ小牧に陣屋(代官役所)を構えた。小牧陣屋は幡豆郡36ヶ村,碧海群7ヶ村の1万3000石を統治する大規模なものであった。その後も大河内松平氏の所領となり、松平正質のとき明治を迎え、陣屋も閉鎖された。
　大河内氏は大河内正綱が寺津城主の時代から徳川家康に仕え、正綱が長沢松平家分家の松平正次の養子となったことで松平姓を称するようになる。正綱の養子に｢知恵伊豆｣で知られる松平伊豆守信綱がいる。
　現在は畑地,住宅に変わり、遺構は残されていないが、一画に石で築かれた冠木門と説明板が設けられている。説明板によれば、ここは御殿(陣屋)の前庭の一部を再現したものらしい。また、陣屋の長屋門が旧糟谷邸の南側道路沿いに移築されているという。