黒田城跡の北東に位置する山内家の菩提寺である。本尊を日蓮聖人尊定大曼茶羅とし、日蓮宗身廷山久遠寺の直末寺である。1492(明応元)年、久遠寺11世法主日朝上人の弟子である日妙師が諸国を巡歴の途中に当地へ来られ、一宇を建立したことに始まる。法蓮寺の妙見堂は日本三大妙見の一つに数えられる妙見菩薩で有名である。
　本堂北には、山内一豊の父･山内但馬守盛豊と兄･十郎の墓がある(山内盛豊,十郎墓所)。