斉明天皇(655～661)の勅願により、奥州塩竃六所大明神を勧請され、神領を寄進のうえ創立されたと伝えられている。その後、桓武天皇(781～806)の御世に坂上田村麻呂が東夷征伐のため下向する折に祈願、天皇に奏聞,勅許のうえ再建され「六所大明神」の勅額を下賜された。
　また、戦国時代に松平清康が、松平郷の六所神社より祭神の勧請を受けて創建したともいわれる。徳川家康の産土神として江戸幕府の厚い保護を受けた。松平郷の六所神社は、鹽竈六所明神(鹽竈神社六所宮の神)より勧請を受け六柱の神を祀っていたが、岡崎の六所神社にはそのうち猿田彦命,塩土老翁命,事勝国勝長狭命の三神が分祀されている。現在は、他に12柱の神を祀っている。
　1634(寛永11)年に上洛した徳川家光は、道中で家康ゆかりの六所神社の改築を命じ、1636(寛永13)年に社殿が完成した。現存する社殿および神供所はこの造営によるものである。急峻な斜面の石階段を上ると楼門があり、正面に近接して拝殿,幣殿,本殿が、門の北側に神供所が建つ。楼門は、入母屋造,間口三間で1688(貞享5)年の建立で、典型的な和様構成で、軸部,組物など主要部分は丹塗、上層高欄や格天井は黒漆塗、一部装飾には極彩色を施している。社殿は本殿,幣殿,拝殿が一体となった複合社殿の形式をとる。本殿は三間社流造である。神供所は、入母屋造で内外ともに素木を原則とし、その他の殿舎に比べて装飾や彩色が少ない住宅風の簡素な建物である。
　岡崎の伊賀八幡宮と同じく、遠州大工である鈴木近江守長次によるものである。