『吾妻鏡』によると、1204(元久元)年の三日平氏の乱の際に伊勢平氏の一党である進士三郎基度が、富田六郷の東西富田の地に築いた居館が始まりとされる。その後、1446(文安3)年、南部三郎行直の子と伝わる南部修理大夫頼村が、信濃国野沢庄より当地に移住して富田城を築いた。頼村は最初は室町幕府に仕えた。南部氏はその後、伊勢国司の北畠家に服属し、頼宗，頼武，頼連，兼綱と室町時代から戦国時代にかけて120年余りの期間、当地を支配して北勢四十八家の一つに数えられた。代々、富田六郷の東富田村･西富田村を統治して、同地の神仏を尊び地域の地場産業を興して富田発展の基礎を築き、領民から親しまれる領主だったという。
　しかし、1568(永禄11)年、5代目当主･兼綱の代に、織田信長の伊勢侵攻により富田城は落城して兼綱は自刃、南部氏は滅亡した。富田城は廃城となり、兼綱の孫の甲斐守忠次は仏門に入り、当地に蓮光寺を開基し、また、弟の甚八郎忠明も仏門に入り四日市市堀木の専念寺に入った。
　城は現在の市立富田幼稚園付近を中心に、市立富田小学校と駅周辺の富田茶屋町付近にあったとされるが、遺構は消滅している。中世富田城の名残として、富田幼稚園の運動場に銀杏の古木が残存している。朝明郡富田の地籍図によると、南方にある茂福城に形状が類似していたという。