柳ヶ島城とも書く。築城年は定かではないが、1570(元亀元)年、本願寺顕如が檄によって織田信長との対立を鮮明にしたことで、長島一向宗門徒は長島城を中心に、輪中集落を活用しながら、篠橋城，大鳥居城，屋長島城，中江城を築いた。屋長島城は安藤秀国の築城という。
　1570(元亀元)年11月、門徒勢が木曽川を渡って尾張に攻めこみ、小木江城の信長の弟･信興を切腹に追いこんだ。信長は翌1571(元亀2)年5月、長島城を攻略すべく兵を送り、信長自身も津島まで出陣するが、門徒側のゲリラ戦法で織田軍は柴田勝家が負傷し氏家卜全らが討死して退却する。
　その後、信長は反信長包囲網のため身動きのとれない状態になるが、浅井長政,朝倉義景,武田信玄が滅亡,病死し、足利義昭も追放したことで、1573(天正元)年9月の第二次長島侵攻の後、1574(天正2)年7月、再々度長島一向一揆の殲滅に取り掛かる(第三次長島侵攻)。
　一揆勢の城は兵糧攻めにされ、3ヶ月にわたる籠城戦が続いた。8月2日、大鳥居城の城兵が撃って出たが、男女1000人ほどが斬られ、翌日落城。続けて12日には篠橋城も落ち、門徒勢は長島城に追いこまれた。長島城も9月29日に降参を申し出るが、助命されず門徒衆多数が射殺あるいは斬り捨てられた。これに怒った一揆衆800余が、織田軍の手薄な箇所に反撃し、信長の庶兄である織田信広や弟の織田秀成など、多くの織田一族が戦死した。
　この失態を受けて、信長は、残る屋長島城,中江城については幾重にも柵で囲み、火攻めにした。城中の2万の男女が焼け死んだという。
　屋長島城跡は揖斐川の城之堀ポンプ場辺りから南側の区域と伝わるが、住宅と田畑が広がり遺構は残されていない。