1890(明治23)年4月2日、神武天皇と皇后･媛蹈鞴五十鈴媛命を祀るため、神武天皇の畝傍橿原宮があったとされるこの地に、神宮創建の民間有志の請願に感銘を受けた明治天皇により官幣大社として創建された。畝傍山の麓にあり、神武天皇畝傍山東北陵の南に位置する。本殿(重要文化財)は1855(安政2)年に建てられた京都御所賢所(内侍所)を移築したものである。
　1940(昭和15)年には昭和天皇が行幸し、秋には日本各地で紀元2600年奉祝式典が挙行された。この年の参拝者は約1000万人に達したという。近代の創建ではあるが、奈良県内では春日大社と並んで初詣の参拝者数が多い神社である。他にも、勅使参向のもと紀元祭が行われる2月11日(建国記念の日)や神武天皇祭の4月3日、および奉祝行事｢春の神武祭｣の開催期間にも多くの参拝者が訪れる。