創建年代は定かではないが、室町時代に尾張,遠江,越前守護の斯波高経が熊野権現を祀ったのが始まりと考えられる。高経はこの時期(1362～67年頃)、神社の南西に島田城を築いている。
　成務天皇の治世、多氏の後裔の仲臣子上という人物が、嶋田県にいた悪い神を退治して嶋田県と嶋田臣の姓を賜ったとされるが、平安時代前期には嶋田忠臣という貴族が菅原道真の師匠となり忠臣の娘･宣来子も道真に嫁いでいる。島田神社では道真を祀る天神社がある。