築城年代は定かではないが、羽豆神社社伝よれば元亨年間(1312～13年)に熱田大宮司の藤原摂津守親昌によって築かれたとされる(『日本城郭大系』では熱田神宮大宮司･藤原季氏)。後を猶子の藤原昌能が継ぐ。南北朝時代には南朝に属し、南朝方の東国と西国の往来に重要な役割を果たしていたと考えられる。1340(暦応3/興国元)年、脇屋義助は美濃国根尾城を落ちのび、本城に10日ほど逗留したのち伊勢に渡った。また、宗良親王が信濃から尾張に出てこの城に滞在し、海路伊勢を経由して吉野に向かったといわれる。1389(康応元)年頃には城主に蜂屋光経の名がある。
　1560(永禄3)年の桶狭間の戦いでは、城主･千秋季忠が佐々政次とともに今川軍に突入し戦死した。1600(慶長5)年の関ｹ原の戦いの際には、徳川家康の命によって千賀孫兵衛重親とともに松平家信，小笠原信元･広朝兄弟，小笠原広勝が羽豆崎城の守備に赴いている。戦後、尾張藩船奉行となった千賀氏の所領となり、1602(慶長7)年には城は破却され、その古材を転用して千賀屋敷が建てられたという。
　城は知多半島最先端の三河湾に面した丘陵地にあり、渥美半島，鳥羽方面も一望できる。