1235(文暦2)年、親鸞が関東より帰郷する途中、当地に立ち寄ったことが始まりとされる。付近の領主安藤薩摩守信平は親鸞を柳堂に招き説法を聞いた。なお、柳堂は当初、安藤氏が奉持した聖徳太子御直作の尊像を安置していたことから太子堂と呼ばれていた。親鸞の教えに感化された信平は武門を仏門に入り念信と改名し、1258(正嘉2)年に寺を建てて明眼寺と名付けたと伝えられる。16世紀の高田派の応真と真智による相続争いに際しては、満性寺とともに真智方の中心寺院として活動したため、次第に権威は後退した。三河一向一揆(1563～64年)の際、徳川家康は本寺に身を寄せ難を逃れた。これにより家康から｢源｣の一字を与えられ、妙源寺と改称した。三河地方の真宗の道場で最も古い道場と言われ、また桑子城としても機能した。裏には安藤直次墓所や高木清秀墓所など、多くの武士の墓がある。また、少年時代に桑子学校に通った本多光太郎博士の墓も本寺にある。