土佐の国人領主・長宗我部雄親の子として誕生。文明10年(1478年)、父・雄親の死をうけて家督を継ぎ、土佐守護の細川政元に仕えた。兼序の別名・元秀の「元」の字は政元から賜ったものと考えられる。 兼序は智勇兼備の武将で家臣団からの信望も厚く、その治世は当初はうまく機能していた。しかし香美郡の山田氏と抗争し続けたうえ、政元や一条氏の後ろ盾をいいことに次第に傲慢な態度が目立つようになり、土佐の豪族から反感を買うようになった。 永正4年(1507年)、政元が暗殺されるという畿内に混乱をもたらす政変が起こり(永正の錯乱)後ろ盾を失うと、兼序は家臣団からも見放され孤立してしまう。そして、これを好機と見た本山氏や山田氏,大平氏,吉良氏ら諸豪族が、翌永正5年(1508年)に同盟を結び、共同して長宗我部氏居城・岡豊城へと進軍。兼序は緒戦では勝利するものの、多勢に無勢で岡豊城に包囲され補給路を断たれたうえ、味方の中からも離反者が相次いだ。通説では兼序は岡豊城で自害し、兼序の遺児千雄丸(後の長宗我部国親)は落ち延びて一条房家を頼ったとされる。近年では、兼序は自害せず脱出し亡命、永正8年(1511年)に本山氏や山田氏と和睦して岡豊城主に復帰し、永正15年(1518年)頃に息子・国親へ家督を譲ったとする説もある。
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天文8年(1539年)、岡豊城で生まれる。永禄3年(1560年)5月、父・国親が土佐郡朝倉城主の本山氏を攻めた長浜の戦いにおいて実弟の親貞と共に初陣する。数え年23歳という遅い初陣であったが、元親は長浜表において本山勢を襲撃した長宗我部勢に加わり、自ら槍を持って突撃するという勇猛さを見せたといわれる。この一戦で元親の武名は高まり、長浜戦に続く潮江城の戦いでも戦果を挙げた。6月、父の国親が急死すると、家督を相続する。 元親は剽悍な一領具足を動員して勢力拡大を行う。永禄3年末の段階で現在の高知市における南西部の一部を除いてほぼ支配下に置いた。永禄11年(1568年)冬には土佐中部を完全に平定した。さらに永禄12年(1569年)には八流の戦いで安芸国虎を滅ぼして土佐東部を平定。元亀2年(1571年)、一条氏の家臣・津野氏を滅ぼして3男の親忠を養子として送り込む。天正2年(1574年)2月には一条家の内紛に介入して一条兼定を追放して兼定の子・内政に娘を嫁がせて「大津御所」という傀儡を立てた。こうして元親は土佐国をほぼ制圧した。天正3年(1575年)に兼定が伊予南部の諸将を率い再起を図って土佐国に攻め込んできたが撃破し、土佐国を完全に統一した。 土佐統一後、中央で統一事業を進めていた織田信長と正室の縁戚関係から同盟を結び、伊予国や阿波国、讃岐国へ侵攻していく。阿波・讃岐方面では、三好氏が織田信長に敗れて衰退していたものの、十河存保や三好康長ら三好氏の生き残りによる抵抗などもあって、当初は思うように攻略が進まなかった。しかし天正5年(1577年)に三好長治が戦死するなど、三好氏の凋落が顕著になる。元親は天正7年(1579年)夏に重清城を奪って十河軍に大勝し、またこの年に讃岐国の羽床氏なども元親の前に降伏し、天正8年(1580年)までに阿波・讃岐の両国をほぼ制圧した。 伊予方面においては、南予地方での軍代であった久武親信の戦死や伊予守護・河野氏の毛利氏援助などで、元親の伊予平定は長期化することになった。 天正8年(1580年)、織田信長は元親の四国征服をよしとせず、土佐国と阿波南半国のみの領有を認めて臣従するよう迫るが、元親は信長の要求を拒絶する。このため信長と敵対関係になり、天正9年(1581年)3月には信長の助力を得た三好康長,十河存保らの反攻を受けた。天正10年(1582年)5月には、神戸信孝を総大将とした四国攻撃軍が編成されるなどの危機に陥った。元親は斎藤利三宛の書状で信長に対し恭順する意向を表している。四国攻撃軍は6月2日に渡海の予定であったが、その日に本能寺の変が起こって信長が明智光秀に殺された。 信長の死で信孝軍は解体して撤退したので、元親は危機を脱した。 元親は近畿の政治空白に乗じて再び勢力拡大を図り、宿敵であった十河存保を8月に中富川の戦いで破って、阿波の大半を支配下に置いた(第一次十河城の戦い)。9月には勝端城に籠もった存保を破り、阿波を完全に平定する。10月には存保が逃れた虎丸城や十河城を攻めた。 天正11年(1583年)の賤ヶ岳の戦いでは、柴田勝家と手を結んで羽柴秀吉と対抗する。 4月に勝家は秀吉に敗れて滅ぶと、5月に秀吉は元親を討つべく軍勢を準備していた。天正12年(1584年)の小牧・長久手の戦いでも、織田信雄や徳川家康らと結んで秀吉に対抗し、秀吉が送り込んできた仙石秀久の軍勢を破った(引田の戦い、第二次十河城の戦い)。また新居郡の金子元宅と同盟し、南予の西園寺公広の諸城を落とすなど、伊予国においても勢力を拡大した。 6月11日には十河城を落として讃岐を平定する。しかし 伊予国の平定は予想以上に手間取った。 天正13年(1585年)春、秀吉が紀州征伐に出てこれを平定すると、秀吉は元親に対して伊予,讃岐の返納命令を出した。元親は伊予を割譲することで和平を講じようとしたが、秀吉は許さず弟・羽柴秀長を総大将とする10万を超える軍が派遣されると、元親は阿波白地城を本拠に阿・讃・予の海岸線沿いに防備を固め抗戦する。秀吉は宇喜多秀家,黒田孝高らを讃岐へ、小早川隆景,吉川元長率いる毛利勢を伊予へ、羽柴秀長,秀次の兵を阿波へと同時に派遣し、長宗我部方の城を相次いで攻略した。そして阿波戦線が崩壊して白地城までの道が裸に晒されると、元親は7月25日に降伏し、阿波・讃岐・伊予を没収されて土佐一国のみを安堵された。 元親は上洛して秀吉に謁見し、臣従を誓った。 天正14年(1586年)、秀吉の九州征伐に嫡男の信親とともに従軍し、島津氏の圧迫に苦しむ大友氏の救援に向かう。しかし、12月の戸次川の戦いで四国勢の軍監・仙石秀久の独断により、島津軍の策にはまって敗走し、信親は討死した。元親は信親の死を知って自害しようとしたが家臣の諌めで伊予国の日振島に落ち延びた。 天正16年(1588年)、本拠地を大高坂城へ移転する。 その後に起こった家督継承問題では、次男の香川親和や3男の津野親忠ではなく、4男の盛親に家督を譲ることを決定する。 その際、反対派の家臣であり一門でもある比江山親興,吉良親実などを相次いで切腹させている。 天正18年(1590年)の小田原征伐では長宗我部水軍を率いて参加し、後北条氏の下田城を攻め、さらに小田原城包囲に参加した 。天正19年(1591年)末頃には本拠を浦戸城へ移転する。 文禄元年(1592年)からの朝鮮出兵(文禄・慶長の役)にも従軍する。豊臣政権は諸大名の石高に応じて軍役人数を課したが、長宗我部の軍役は3,000人で固定され、水軍としての軍事力を期待されていた。慶長元年(1596年)にはサン=フェリペ号事件に対処し、秀吉によるキリスト教迫害の引き金を作った。領内では検地を行い、慶長2年(1597年)3月に盛親と共に分国法である『長宗我部元親百箇条』を制定する。 慶長3年(1598年)8月18日に秀吉が死去すると政情が不安定になる。元親は年末まで伏見屋敷に滞在し、11月26日に徳川家康の訪問を受けた。その後、年末か年明けに土佐に帰国した。慶長4年(1599年)3月、3男の津野親忠を幽閉。その直後から体調を崩し、4月に病気療養のために上洛し、伏見屋敷に滞在。4月23日には豊臣秀頼に謁見している。だが5月に入って重病となり、京都や大坂から名医が呼ばれるも快方には向かわず、死期を悟った元親は5月10日に盛親に遺言を残して、5月19日に死去。享年61。高知県高知市長浜天甫山にあった天甫寺(廃寺)に葬られる。
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