若い頃は河内国の古寺の沙門で、公泰と号したという。のち還俗して叔父の権中納言･重尹の養子となり、文章生に補せられる。後朱雀朝の長久3年(1042年)勘解由判官に任官すると、式部少丞を経て、後冷泉朝の天喜2年(1054年)巡爵により従五位下･加賀権守に叙任されるが、同年中に中務権大輔として京官に遷った。康平2年(1059年)中務権大輔の功労により従五位上に陞叙。
　後三条朝初頭の延久元年(1069年)少納言に任ぜられると、白河朝でも引き続き少納言を務めながら、延久5年(1073年)に正五位下、承保2年(1075年)には従四位下と順調に昇進した。応徳2年(1085年)主殿頭に任ぜられると、これを終生務め上げる一方、白河院政期に入ると寛治3年(1089年)越中介、嘉保3年(1096年)河内守と地方官も兼ねている。永長2年(1097年)従四位上に至った。承徳3年(1099年)7月23日卒去。
　生まれつき世事に染まらず、吟詠をよくした。また、書や和歌にも通じた。古寺にいた際は戒行を欠くことはなく、修錬を怠ることは決してできなかったという。和歌は1首ながら、『後拾遺和歌集』に残っている。また、寛治元年(1087年)に行われた御讀書始では点図を書くなど、文の清書なども務めている。

　『枕草子』は輔尹の母が尾張安居兼時という者の娘であることを注記しているので、輔尹の祖父が兼時だとわかる。宮中の御神楽で人長を務めた兼時は、『紫式部日記』に登場する舞の名手であった。と同時に、『今昔物語集』にも幾度か登場する。近衛府の舎人仲間と稲荷詣でに行き、参詣に来た女をからかったり、徴税に応じない国司の邸に乗り込んで、出された料理で腹を下したり、右近馬場の競馬で下野敦行に負けるなど、概して武人肌の、よく言えば豪放磊落な、悪く言えば粗野な人だったらしい。
　輔尹はそんな兼時の血を引いて、粗暴だったのかもしれない。当時の婚姻形態からしても、母方の祖父と同居しており、影響を受けたとも考えられる。兼時は天元5(982)年4月の競馬に出場して相手に勝っていることからも年老いてなお、かなり達者だったことが明らかである。
　ただ、輔尹の父は興方という受領階級の人で従五位上、尾張守であったが、輔尹を大納言懐忠の養子にしている(正家という殿上人の猶子という説もある)。興方としても、懐忠のほうが身分的にも上で、子の将来のためにもなると考えたのだろう。『尊卑分脈』では輔尹の母が重尹(懐忠の実子で輔尹には弟)と同じ尹忠の娘となっているが、これは養母であると考えれば無理がない。