1333年に後醍醐天皇の綸旨を受けて討幕軍に寝返った後、六波羅探題攻略や足利尊氏との戦いに参戦した。その後、子の惟直に家督を譲って隠居したが、1336年に惟直が多々良浜の戦いに敗れて自害したため、再び家督を継ぐこととなった。ところが、尊氏の調略で一族の坂梨孫熊丸が相続者として大宮司に選ばれたため、阿蘇氏内部で内紛が発生する。惟時はこれを抑えるため、やむなく北朝側に寝返った。
  しかし家中で不満が相次いだため、1349年に再び南朝側に帰順する。1351年、家督を養嗣子の惟村に譲ったが、惟村の実父・惟澄が当主となって実権を握っていた。1353年に死去。