大永年間(1521～28年)に従五位下･近江守に叙任される。久我家諸大夫を務める一方で、天文8年(1539年)宮内少輔に任ぜられる。天文15年(1546年)足利義輝が第13代征夷大将軍になると、翌天文16年(1547年)秀治は従四位下に叙せられた。
　天文18年(1549年)父の竹内秀治が没するが、天文20年(1551年)従四位上に叙せられ、父の後を継いで大膳大夫に任ぜられる。天文24年(1555年)正四位下に昇叙されると、弘治2年(1556年)父に続いて昇殿を許され、弘治3年(1557年)従三位に叙せられ、竹内家として初めて公卿に列す。永禄3年(1560年)には将軍･足利義輝の執奏によりついに堂上家に加えられた。
　永禄5年(1562年)正三位に至る。永禄8年(1565年)足利義輝が三好義継に滅ぼされたのち、永禄10年(1567年)5月19日に出家、法名は真滴を号した。元亀2年(1571年)季治は織田信長のことを｢熟したイチジクの如く木より地上に落ちるだろう｣と評したことから信長の逆鱗に触れ、同年9月18日に近江国永原で斬首された。享年54。