1188(文治4)年、足利義兼による創建と伝えられる。開山は退耕行勇。初めは極楽寺という密教(真言宗)の寺院であったが、建長寺開山の蘭渓道隆の弟子、月峯了然が住職となってから禅刹に改め、ついで寺名も正嘉年間(1257～59年)に足利貞氏の法名をとって浄妙寺と称した。本尊は釈迦如来。鎌倉五山の第五位の寺院である。かつては広大な寺地を有し、23箇院の塔頭を有していた。寺に婦人病に霊験のある神とされる淡島明神立像を安置することから、婦人病の祈願所とされている。
　本堂は 寄棟造、銅板葺(もと茅葺)で平面は方丈形式の六間取りである。江戸時代中期の建物だが、仏壇周辺などには室町時代の材が用いられている。
　本堂裏の墓地に足利貞氏の墓と伝える1392(明徳3)年銘の宝篋印塔がある。また、1351(正平6)年には浄妙寺境内の延福寺に足利直義が幽閉され、翌年2月26日急死した。