1567(永禄10)年、長谷川藤直の子として西教寺中興の真盛上人と同じ伊勢国一志郡にて誕生している。妹に徳川家康側室の夏がいる。
　1603(慶長8)年より徳川家康に仕え、1606(慶長11)年から8年間、江戸幕府長崎奉行を勤め、対外貿易の管理とキリスト教の取り締まりにも腕を振るった。1617(元和3)年10月26日死去し近江国坂本の西教寺に埋葬された。