1868年5月(明治元年閏4月)、明治天皇により大阪裁判所(大阪府の前身)に対し豊臣秀吉を祀る豊國神社建立の御沙汰があり、京都の豊国神社の大阪別社として北区中之島字山崎の鼻に創建された。1879(明治12)年11月18日に社殿落成、同12月28日正遷宮祭が行われた。主祭神は豊臣秀吉公、豊臣秀頼公,豊臣秀長卿を配祀する(京都･豊国神社は豊臣秀吉のみを主祭神)。
　1912(大正元)年、中央公会堂建設のために大阪府立図書館の西隣りへと遷座する。1921(大正10)年には京都･豊国神社から独立し府社に列格し、また、その際、名称の読みを京都の豊国(とよくに)神社に対して、｢ほうこく｣の読みに改めている。
　1935(昭和10)年頃より、大阪市庁舎の増築のため神社移転の話が出るが、太平洋戦争のため移転は一時中止。1956(昭和31)年に再び大阪市より神社移転の要望が出され、正式に替地として大阪城の二の丸に移転することが決定した。1961(昭和36)年1月、大阪市庁舎増築のため、現在地へ遷座する。遷座前の社殿は豊中市の服部住吉神社に移築された。
　2007(平成19)年4月17日、彫刻家の中村晋也により豊臣秀吉像が復元される。