全国にある白鬚神社の総本社とされる。祭神は猿田彦命であるが、元々の祭神は比良山の神であるともいわれる。沖島を背景として琵琶湖畔に鳥居を浮かべることから、｢近江の厳島｣とも称される。
　社伝によれば、垂仁天皇25年に倭姫命によって社殿が建てられたのが始まりとされる。674(白鳳2)年には、天武天皇の勅旨により｢比良明神｣の号を賜ったとも伝わる。865(貞観7)年には従四位下の神階を賜ったとの記載がある。ただし、延喜式神名帳には記載されていないため、いわゆる国史見在社(日本書紀,続日本紀など六国史に記載があるが、延喜式神名帳に記載がない神社)にあたる。
　その後、慶長年間(1596～1615年)には豊臣秀頼によって境内の整備が行われている。
　本殿(国重文)は1603(慶長8)年の造営で、豊臣秀頼の命により片桐且元を奉行として播磨国の大工の手で建てられた。間口三間・奥行三間の入母屋造で、屋根は檜皮葺である。拝殿は1879(明治12)年の再建で間口三間三尺,奥行二間の四棟造。なお、絵馬殿は旧拝殿で1624(寛永元)年に大溝藩主の分部光信によって造営された。
　また、湖中大鳥居は古くは1280(弘安3)年の絵図では陸上に描かれているが、その後の琵琶湖の水位上昇に伴い水中に立つようになったと伝わる。現在の鳥居は1981(昭和56)年に再建されたものである。