高山城は天神山城,白雲城,臥牛山城,冑山城などとも呼ばれる。史料に登場する天神山城(近江多賀天神社を守護神として勧請)は､京極氏の陪臣で在地領主の高山外記によって室町中期に築城されたとされる。
　1558年､高山外記は三木自綱(桜洞城)に滅ぼされる。自綱は高山城の向い側の松倉に本城を構え､高山城には三木久綱が入ったが､1585年､反秀吉の兵を挙げたため、金森長近軍の総攻撃を受け滅亡する。
　1586年､飛騨平定に功のあった金森氏が入国し、はじめ鍋山城を本拠としたが、1588年には天神山に三層天守閣,本丸,二の丸,三の丸,米蔵曲輪,外郭から成る一大山城を築いた。完成は1610年代半ばであり､現在残る遺構は当時のものである。
　金森氏は､頼時の代に自刃事件を起こし､1692年､上山に減封され､高山城は幕府直轄領となり､1695年には廃城となった。後年､幕府は高山陣屋を築き、天領飛騨支配の中枢とした。