1895(明治28)年、平安遷都1100年を記念して京都で開催された内国勧業博覧会の目玉として平安京遷都当時の大内裏の一部が復元された。社殿は大内裏の正庁である朝堂院を模し実物の5/8の規模で復元され、正面の門は朝堂院の応天門を模している。その内側の左右の殿舎は朝集堂を再現、外拝殿は朝堂院の正殿である大極殿(左右には蒼龍楼と白虎楼が付属)を模している。これらの建築様式は、基本的には平安時代後期(11～12世紀)の第3次八省院を再現したものとなっている。平安遷都を行った第50代桓武天皇と平安京で過ごした最後の天皇である第121代孝明天皇が祭神とされる。
　1976(昭和51)年1月、新左翼の放火による火災で本殿,内拝殿など9棟が炎上焼失した。本殿や内拝殿は全国からの募金により1979(昭和54)年4月に再建された。2010(平成22)年12月には大極殿など6棟が国の重要文化財に指定されている。