平安時代末頃に熊野本宮の伊弉册尊,速玉男命,事解男命の祭神3柱を奉じて移住した熊野の生田,榎本,宇井,鈴木氏(佐脇の四姓と呼ばれる)によって熊野権現社が創建されたのが始まりとされる。その際、702(大宝2)年に持統上皇が三河に御行(近くに持統上皇行在所伝承地がある)の際に奉斎していた下佐脇天神を合併合祀した。
　1537(天文6)年に社殿が造営されて以来、社殿修復が行われ、1677(延宝5)年には摂社五社宮本殿(豊川市指定文化財)が造営された。三間社切妻造,一間向拝付き桟瓦葺の江戸時代初期の建築様式を伝える重要な建物である。
　明治維新以後、佐脇神社と改称された。